先按命令在哪里运行来选择：

需求	选择
只做对话或调用 Java／MCP 工具	沿用快速开始，不需要 Docker，也不用开启 Shell
读写文件，但不执行命令	文件工具已提供，保持 Shell 关闭即可
在应用所在机器运行脚本或命令	本地模式 GUARDED_LOCAL
在独立容器里运行脚本或命令	Docker 模式 DOCKER

本文的 Docker 模式指 Agent 命令使用的沙箱容器。如果只是把 Java 应用装进 Docker，仍使用本地模式，命令会在 Java 应用容器里执行。

分清持久存储和命令目录

配置	负责什么
session-store.*	保存会话状态、历史、工作区或快照
harness.local.workspace-root	本地命令执行时使用的工作副本
harness.docker.workspace-root	容器内的命令工作目录，默认 /workspace
harness.docker.snapshot-root	JSON＋Docker 的容器业务文件快照目录

文件工具与命令工具使用同一份业务文件。本地执行前从持久存储恢复到命令目录，执行后将文件变更写回；不能只备份本地执行副本。

相对路径以 Java 进程工作目录为基准。正式部署建议固定绝对路径，避免 IDE、java -jar 和服务管理器采用不同工作目录。

按运行方式继续

纯对话可以关闭 Shell，文件工具仍可使用。需要运行脚本时，按 Shell 工具 配置本地执行，或按 Docker 沙箱 准备镜像与快照。

同一会话共享工作区。不同 Agent 协作时，约定各自的输入、输出文件名，避免覆盖其他步骤的产物。